Merhaba,
Öncelikle daha iyi yardımcı olabilmek için kodunuzdan parçalar olması işimizi kolaylaştıracaktır.
İkinci olarak bu sorununu pyqt deki signal-slot mekanizması ile çözebilirsin. Sana incelemen için bu forumdaki cevaplardan birini aşağıya bırakıyorum. Kafana takılan yerler olursa buradan sor yardımcı olmaya çalışırım.
Edit:
Arduino dan gelen veriyi bir thread de kontrol falan edersin. Veriler geldikçe emit ile gui yi guncellersin. Şu anlık aklıma bu geliyor.