Yapmayınca da oluyor, bu dll’ler Python kurulumunda olduğu için fark etmemiş olabilirsiniz.
Arkaplanda çalışması ile tek dosya olmasının bir alakası yok. Dosyayı taşırken bir tane gibi gözükse de çalıştırılınca geçici bir yere çıkartılıyor zaten.
İlla tek dosya istiyorsanız pyinstaller’e --onefile argümanı verin.