Merhaba,
Evet, bahsettiğiniz işlem yapılabilir. Öncelikle şu başlıktaki sqlite3 komutlarını da incelemenizi öneririm. Komutlar o başlıkta daha derli toplu bir şekilde yazılmış.
Bahsettiğiniz işlem nasıl yapılabilir, teorik olarak ondan bahsedeyim.
Mevcut veritabanı dosyasındaki bütün satır ve sütunlardaki veriler değişkenlere kaydedilir, daha sonra da bu değişkenler yeni veritabanına aktarılır.
SQLCipher nedir bilmiyorum. Veritabanı ile işlem yaparken, her zaman değil ama bazen lock isimli bir dosya daha oluşur. Bu dosyanın oluşma gerekçesi, veritabanı açıkken, bu veritabanı ile başka bir programda işlem yapmanız olabilir, başka bir neden de olabilir. Ama her zaman veritabanı dosyası kitlenmez. Şayet kitlenirse, bu lock dosyası silinebilir ve veritabanı işlemlerine kaldığınız yerden devam edebilirsiniz.