import subprocess
command = subprocess.Popen(
"dir",
shell=True,
stdout=subprocess.PIPE
).communicate()[0].decode("cp850")
print(command)
verdiğiniz Popen komutu ile dataları sorunsuz bir şekilde servera ilettin çok teşekkür ederim büyük ihtimal sorun subprocess.geoutput() kullanmadan kaynaklı Popen ile hatasız çalışıyor. 