Çok teşekkür ederim. Ben de akşamdan beri uğraşıyorum böyle giderse birkaç akşam daha gidecek. 
Şöyle bir şey fark ettim.
Komutu
/home/aku/gamit/com/sh_setup -yr 2016
şeklinde girince sh_setup çalışıyor ama bu sefer sh_year hatası veriyor. Kullandığım bütün komutlar ve onların içerdikleri diğer komutlar /home/aku/gamit/com/ dizininde.
Buradan bir çözüme ulaşabilir miyiz?
Belki yanlıs anlıyorum sizi,ama bu linki,sizin verdiginiz linkteki soru crontab ile ilgili oldugu icin veriyorum.Burada crontab icin yapılmıs bir modul var.Sahsen crontab da bir ilerleme kaydedemedim.Belki isinize yarar.
Sacma olacak ama,eger sh_year hata veriyorsa sh_setup dosyasında duzenleme yaparak sh_year komutundan hemen once cd komutuyla sh_year ın bulundugu dizine gidilebilir mi acaba?(Ama sizin daha bunun gibi birsuru komut girmeniz lazım oldugu icin bu yontem pek ise yaramaz sanırım.
Şuradaki cevaplara bakar mısınız? Kısaca subprocess modülünün kullanılması gerektiğini söylüyor.
Evet, o şekilde bütün komutlara dizin eklemem gerekecek. Ancak çok anlamlı olduğunu düşünmüyorum. Neyse yarın bu konuda çalışan bir hocaya mail atmayı düşünüyorum sanırım cevaba o şekilde ulaşabilirim. 
Vaktiniz için tekrar teşekkürler.
Cevap için teşekkürler. O şekilde de denedim ancak sadece ubuntunun kendi komutlarını kabul ediyor, diğerleri için “command not found” uyarısı alıyorum.
Galiba sorun bende. Bir şeyleri yanlış yapıyorum sanırım, çözüm bu kadar karmaşık olmamalı. Akşam baştan sonra tekrarlayacağım tüm komutları.
Evet, bir yerde bir acaiplik var. Muhtemelen PATH ile ilgili. Bu programın PATH’e nasıl kaydolduğuna bakar mısınız? Yani .bashrc’de mi, .bash_profile’da mı yoksa .profile’da mı? Bir de verdiğiniz komutlarla birlikte komutlarınızın tam çıktısını burada belirtirseniz daha iyi yardımcı olabiliriz.
Tekrar merhaba. Sorunu çözdüm.
Ben Python kodlarını PyCharm üzerinde yazıyorum ve PyCharm üzerinden çalıştırıyorum. Hata bundan kaynaklıymış. Yazdığım Python dosyasını terminalden çağırdığımda bir sorun olmadığını gördüm.
Sanırım çok basit bir şeydi ve ben bilmiyordum. Herkese tekrar tekrar teşekkürler.
Not: Tatlı teklifim cevap veren, zaman ayıran herkes için hala geçerli.
Sorunun çözüldüğü iyi olmuş ama pycharm neden bu kodu çalıştırmıyor?
Görünüşe göre PyCharm’ın terminali, terminali ilklendiren betikleri(.bash_profile gibi) çalıştırmıyor ya da farklı bir kabuk(tcsh gibi) kullanıyor. Daha fazla bilgi için şu Stack Overflow gönderisine bakabilirsiniz: python - os.system does not look the programs that are in my path - Stack Overflow
Mesela Curses modülü de PyCharm’da kullanılamıyor, _curses.error: setupterm: could not find terminal hatası veriyor. Ama PyCharm’ın open in terminal diye bir düğmesi var o düğme sayesinde terminali PyCharm’da açıyoruz.